A Diocese do Funchal foi criada pela Bula Pro Excellenti de 12 de junho de 1514, do Papa Leão X, transferindo de Tomar toda a jurisdição espiritual para a Ilha da Madeira. Deste modo, a Diocese compreendia, não somente as Ilhas deste Arquipélago, mas todos os territórios descobertos ou a descobrir pelos portugueses. Assim, a sua jurisdição estendia-se por todo o território africano ocidental e oriental, Brasil e Ásia. Por isso, o seu primeiro Bispo, D. Diogo Pinheiro usou o título de Primaz, o que foi seguido por outros bispos do Funchal depois que a sua Catedral foi elevada à dignidade de Metropolita. Do Funchal desmembraram-se as Dioceses de Goa, de Angra, de Cabo Verde, de São Tomé e São Salvador da Bahía. Em 1550, perdeu a dignidade de Metropolita, para ficar sufragânea da Arcebispado de Lisboa. O primeiro Bispo negro dos tempos modernos foi D. Henrique, filho do Rei do Congo que ali exerceu o seu ministério como Vigário Geral do Bispado do Funchal. Até ao princípio deste século, os bispos do Funchal usavam o título de Bispo da Madeira, Porto Santo, Desertas e Arguim (na Costa de África).
