Em 2016, Ano da Misericórdia, foi em Portugal um dos 1071 sacerdotes que o Papa Francisco enviou como “Missionário da Misericórdia” durante o Jubileu Extraordinário.
Em 27 de outubro de 2018 o Papa Francisco nomeou-o Bispo das Forças Armadas e Forças de Segurança de Portugal.
Recebeu a Ordenação Episcopal a 25 de novembro de 2018 no Mosteiro dos Jerónimos, em Lisboa, juntamente com o saudoso D. Daniel Batalha Henriques, em cerimónia presidida pelo Eminentíssimo Cardeal-Patriarca de Lisboa, D. Manuel Clemente.
No dia 3 de dezembro de 2018, tomou posse como Capelão-Chefe da Igreja Católica, no Salão Nobre do Ministério da Defesa Nacional, e a 11 de dezembro na Sé Catedral do Ordinariato Castrense.
Atualmente é Delegado da Conferência Episcopal Portuguesa para as Relações Bispos/Vida Consagrada e membro da Comissão Episcopal Missão e Nova Evangelização.
18.º Patriarca de Lisboa em 10 de agosto de 2023, tendo tomado posse a 2 de setembro de 2023 e entrado solenemente a 3 de setembro de 2023.